Ksiądz Walenty Barczewski pragnął, aby ten kościół spośród innych wyróżniał się nie tylko okazałą bryłą. Chciał, żeby również swoim wystrojem podkreślał polskość tych ziem i umacniał ją wśród mieszkańców. W tym celu zaplanował wykonanie w kościele polichromii, która przedstawia, w ujęciu symbolicznym, dzieje Polski i Warmii. Wykonali ją w latach 1910-1912 dwaj niemieccy malarze: H. Zepter, pochodzący z małego miasteczka Emmerich nad Renem oraz Brandt z Berlina. Pomagali im zaś miejscowi Warmiacy, m.in. Franciszek Poleska z Tomaszkowa i Polikeit z Olsztyna.

Malowidło na końcu nawy południowej przedstawia scenę śmierci biskupa krakowskiego św. Stanisława. Miał on przeciwstawić się królowi Bolesławowi Śmiałemu i został skazany na śmierć poprzez rozczłonkowanie ciała. Wybór postaci tego świętego z pewnością nie był przez Barczewskiego przypadkowy. Po pierwsze kojarzy się on z Krakowem, dawną stolicą Polski. Po drugie – wedle legendy – ciało św. Stanisława w cudowny sposób się zrosło. Może to symbolizować Polskę podzieloną przez zaborców, która również ulegnie scaleniu. Odradzającą się ojczyznę symbolizuje, znajdujący się tuż obok i wzbijający się do lotu, biały orzeł w koronie. Kiedy to jednak nastąpi? Gdy upadnie Królestwo Prus – główny inicjator rozbiorów. Stąd naprzeciw przedstawienia św. Stanisława znajduje się fresk przedstawiający w płomieniach czarnego pruskiego orła.

Mało znanym obecnie świętym przedstawionym na sklepieniu jest Klemens Maria Hofbauer, który żył w latach 1751-1820. Skąd więc jego wizerunek na sklepieniu brąswałdzkiego kościoła? Klemens Maria Hofbauer od 1787 roku do 1808 przebywał w Warszawie i był naocznym świadkiem ważnych i trudnych dla Polski wydarzeń, takich jak Sejm Czteroletni, uchwalenie Konstytucji, walki o Warszawę podczas Insurekcji Kościuszkowskiej, rozbiory. Każdy, kto czytał biografię świętego, poznawał mimochodem historię Polski.

Wśród namalowanych postaci oko uważnego obserwatora bez trudu dostrzeże również św. Wojciecha, który poniósł śmierć za wiarę na tych terenach oraz św. Andrzeja Bobolę – wychowanka braniewskiego Hosianum. Ciekawostką jest fakt, iż formalnie Andrzej Bobola został ogłoszony świętym w roku 1938, w Brąswałdzkim kościele zaś… już w 1912.

Nie zabrakło również wątków autobiograficznych – na uwagę zasługuje postać św. Jana Kantego. Ma on rysy twarzy księdza Walentego Barczewskiego. Nad nim znajdują się mszał i pług jako atrybuty wiejskiego proboszcza. Oblicze św. Floriana wzorowane zaś jest na twarzy ówczesnego organisty Rudolfa Stracha.

W nawie południowej tuż przy emporze organowej znajduje się przedstawienie św. Kazimierza. Trzyma on zapis nutowy pieśni „Boże, coś Polskę”, a po drugiej stronie nad chórem św. Józefinę z San Geminiano (Toskania), nieprzypadkowo ubraną w biało-czerwoną szatę.

Nie zabrakło także wizerunków świętych kobiet związanych z historią Polski. W nawie południowej uwieczniono postać św. Kingi oraz św. Jadwigi Śląskiej. Obie, mimo iż nie były Polkami, uczyniły wiele dla naszego kraju. Symboliczna jest także data śmierci św. Jadwigi Śląskiej – rok 1243. W tym roku papież Innocenty IV ustanawia w Prusach cztery diecezje, w tym diecezję warmińską.

Na sklepieniu umieszczono także przedstawienia kościołów w Gietrzwałdzie, Świętej Lipce i Wielbarku. Nad malowidłem Matki Bożej Częstochowskiej widnieje zamknięta brama i trójnóg – po podziale Polski dokonanej przez trzech zaborców, Polacy, szczególnie z Warmii, nie mogli swobodnie pielgrzymować do klasztoru na Jasną Górę.