Dla istniejącej już wsi akt lokacyjny został wydany w 1426 roku przez biskupa Franciszka Kuhschmaltza i określał jej wielkość na czterdzieści włók. Miejscowość bardzo mocno ucierpiała podczas wojny polsko-krzyżackiej w 1520 roku. Jak podają źródła, nawet przez kolejne pięć lat nie była wstanie udźwignąć się z wojennych zniszczeń – aż 36 włók leżało wtedy odłogiem.

Odnowienie lokacji Nowych Włók miało miejsce w 1582 roku z inicjatywy biskupa Marcina Kromera. Kolejna ważna data w historii wsi to przywilej z 1610 roku, kiedy to biskup Szymon Rudnicki wydaje zgodę na założenie karczmy. Fakt ten potwierdza w 1683 roku jeszcze biskup Michał Radziejowski. W wieku XVIII odnotowano, że miejscowość nadal obejmuje czterdzieści włók ziemi uprawnej, natomiast wiek XIX to 82 gospodarstwa rodzinne i 743 mieszkańców.

W czasach przynależności Warmii do Prus do 1945 roku wieś nosi nazwę Neu Verzighuben, do 1947 roku Nowy Wierckub. Nie wiadomo, kiedy w Nowych Włókach powstała szkoła. Odnotowano jednak fakt jej istnienia po raz pierwszy w 1825 roku.

Wizytówką miejscowości od 1874 roku po dzień dzisiejszy jest kamienna kaplica neogotycka pod wezwaniem Matki Boskiej Szkaplerznej i narodzenia Najświętszej Marii Panny, z XVIII wiecznym ołtarzem z obrazem drugiej z wymienionych patronek parafii.