W XIV wieku wieś Słupy pojawia się po raz pierwszy pod nazwą Stolpe (w 1364 roku) i drugi raz, w 1374 roku, przy okazji nadania 13 włók ziemi Prusowi imieniem Prejture. Nazwa wsi nie jest też przypadkowa, nawiązywać może do typu budowli o fundamentach ze słupów wbitych w rzekę, czy jezioro, lub wywodzi się od słupów służących niegdyś do suszenia sieci rybackich.

Nazwy miejscowości, jakie jeszcze odnajdujemy w późniejszych dokumentach to: Stolp w 1564, Sztolpy w 1879, Stolpy w 1941. Obecna nazwa Słupy urzędowo nadana została w 1951 roku.

W XV i XVII Słupy były wsią szlachecką, która w XVIII wieku przekształciła się w majątek ziemski. Jak podają źródła z 1785 roku, było tu wtedy zaledwie 5 domów. Przez cały wiek XVIII majątek znajdował się w rękach rodziny Carnevalli, następnie von Stabbert. Ostatnimi właścicielami przed 1945 rokiem byli: Adolf Schulz i Oskar Thimm.

W latach powojennych wieś miała charakter rolniczy i stała się podolsztyńskim miejscem wypoczynkowym z licznymi domkami i kwaterami prywatnymi zlokalizowanymi w okolicy jeziora. W czasach tych w miejscowości tej utworzono zakłady pracy Przedsiębiorstwo Handlowo-Usługowe „Zaptor” oraz Państwowy Ośrodek Maszynowy, które zlikwidowano w latach dziewięćdziesiątych XX wieku, a w ich miejscu powstały prywatne firmy.

Parafia w Słupach erygowana została 29 listopada 1998 roku, wtedy też konsekrowano kościół pw. Najświętszej Maryi Panny Nieustającej Pomocy, którego budowę rozpoczęto w maju 1995 roku, wmurowując kamień węgielny.