Położoną w komornictwie jeziorańskim miejscowość nazwano Flemingswalt, od imienia jej zasadźcy, co znaczyło Las Fleminga. Nazwę o takim brzmieniu odnajdujemy jeszcze w dokumentach z 1369 oraz 1376 roku. Sam przywilej lokacyjny został odnowiony 22 stycznia 1392 roku przez biskupa Henryka Sorboma dla potomków Fleminga.

Fala zniszczeń, jakie niosły ze sobą wojny polsko-krzyżackie w XV i XVI wieku nie ominęła także i Frączek. Jak podają źródła, w owym czasie zniszczony został kościół. Świątynię jednak odbudowano w drugiej połowie XVI wieku i konsekrował ją pod wezwaniem św. Marii Magdaleny 25 września 1580 roku biskup Marcin Kromer.

W XVII wieku wieś szlachecka przeszła w posiadanie kanoników kolegiaty dobromiejskiej, przetrwała też wojny polsko-szwedzkie i szybko się z nich podźwignęła. Dzięki swemu położeniu wśród lasów, z dala od ważnych szlaków, ominęła ją zaraza szalejąca w Prusach w latach 1708-1710.

Po pierwszym rozbiorze Rzeczpospolitej władze Pruskie przeprowadzają dokładny spis mieszkańców, z którego dowiadujemy się, iż Frączki liczyły 205 mieszkańców, a w 1783 roku znajdowało się w niej 35 domów. Wieś znacznie ucierpiała w czasie wojen napoleońskich na początku XIX wieku. W owym to stuleciu zbudowano też nową świątynię. W miejsce starej, trzystuletniej, powstał kościół neogotycki konsekrowany 2 lipca 1873 roku przez biskupa Filipa Krementza. Świątynia istnieje po dzień dzisiejszy i patronuje jej niezmiennie św. Maria Magdalena. Ważna data w historii kościoła we Frączkach to 21 stycznia 1905 roku, kiedy to biskup Andrzej Thiel ustanawia samodzielną parafię, Dotychczas parafia we Frączkach była podległa kościołowi w Radostowie.

Wieś przetrwała I wojnę światową, pomimo tego iż wielu z jej mieszkańców wysłanych na front nie wróciło z niego. W plebiscycie 1920 roku głosowano tu za Prusami Wschodnimi. Wielkie zmiany przyniósł styczeń 1945 roku, większość mieszańców uciekła przed nadejściem Armii Czerwonej. Jednak niektórzy później wrócili, zastając w miejscowości nowo przybyłych osadników.

W drugiej połowie XX wieku wieś typowo rolnicza, z do dziś zachowanym układem zagrody oraz charakterystycznym dla warmińskiej wsi układem przestrzennym tzw. ulicówki.